いすゞエルフUTに関しては全く分かりませんが、若し屋根の一部に補強材が入っている場合はそれを避ける方が良いと思います。 此れは内張りを外せば見えますので解体屋や板金屋さんで見る事が出来るかも知れません。 補強材が入っていない場合は前後左右好みの場所に穴を開ける事が出来ます。
私はダットサントラックに穴を開けてサンルーフを取り付けた事がありますが基本的には全く同じです。 乗用車程度の大きさの屋根には補強材は入っていませんが、バン（フォードE350）には入っています。 屋根を切ること自体は簡単ですが準備が大切で、正確な穴の大きさの線を描き、傷が付かない様に予め新聞紙等をテープで貼り付けて於くと良いでしょう。
屋根を切る電気鋸には何種類かありますが、私が使用した道具はジグソーと呼ばれる電気鋸です。http://www.google.com/search?q=jigsaw&tbm=shop&hl=en&aq=f
使用方法はhttp://www.youtube.com/watch?v=UYtAVnxqzkAに示されている通りで、正確に曲線上を切る事が出来ますし、刃を交換する事で金属、木、その他色々の素材を切る事が出来、厚い材料を切る事も可能です。 従って、今回使用後には広い用途があります。 価格の5千円前後からあると思います？ （注意：必ず金属用の刃を使用する事）
其の外にはセーバーソーやシートメタルシアーの使用も考えられますが、これらは小さな曲線を正確に切るには技術が必要です。
屋根の切り方の参考に成るビデオ2個を添付します。
セーバーソー使用
http://www.youtube.com/watch?v=bfy1qmuFEFs&feature=related
シートメタル シアー使用
http://www.youtube.com/watch?v=3k82fz0GJQs&feature=related
参考になさって下さい。